Lorsque le dernier empereur Yuan, fut chassé en 1369 de Chine, il rentra en Mongolie. Et le retour fut rude : le pays durant la fin de la dynastie des Yuan avait été laissé à l’abandon : l’agriculture, le commerce, l’artisanat avaient dépéri, et beaucoup parmi les meilleurs étaient soit morts dans des batailles, soit avaient émigrés dans d’autres régions de l’empire.

Plusieurs Khan se succédèrent jusqu’en 1399 et s’ils continuaient à se faire appeler Grand Khan, leurs pouvoirs n’avaient plus rien à voir avec celui de leurs prédecesseurs. De son coté la Chine des Ming revendiquaient l’intégralité de la Chine des Yuan et donc la Mongolie. Pour cela, elle reprit ses anciennes traditions : attiser les querelles internes, lançer des attaques jusqu’à Karakorum, et utiliser les Khirgiz contre les Mongols. Mais, grâce à l’aide des Alains (Des fidèles depuis qu’ils furent vaincus au Caucase, qui accompagnèrent les Mongols à Pékin et après leur chute les suivirent en Mongolie), et des Oïrats (les Mongols vivants à l’ouest du lac Baïkal et qui n’avaient pas participé à l’épopée de l’empire Mongol), les Kirghiz furent tenu en échec.

Puis, les Oïrats, après de nombreuses luttes internes prirent petit à petit le pouvoir en Mongolie au début du XVème siècle, pour fonder à partir de 1430, un nouvel empire. Ils attaquèrent le Khanat de Djaghataï, puis la Chine qu’ils vainquirent en 1449, mais n’allèrent pas plus loin que la Grande Muraille. L’unité des Oïrats faiblit après 1455, et ils se divisèrent.

A leur suite, un descendant de Gengis Khan reprit le pouvoir : Dayan Khan. Il eut un règne de 73 ans (1470 - 1543), durant lesquels il tint les Oïrats dans les parties Ouest (en Dzoungarie) et lutta contre la Chine. Il réorganisa selon la tradition des steppes, les mongols avec une aile droite, et une aile gauche dans laquelle il plaça au sud (c’est à dire là où se trouve l’actuelle Mongolie Intérieure en Chine) les Tchakar, et dans ce qui correspond au nord de l’actuelle Mongolie, les Khalka. Il attribua à son ainé, la région des Tchakar et sa succession, ce qui devint règle.