Les mandchous étaient un peuple forestier vivant de pêche et de chasse, apparentés à la famille turco-mongole, et au peuple Djürchet qui avaient pris avant les mongols le pouvoir en Chine sous le nom de Kin vers 1125. En 1599, un chef, Nurkhatchi, réunit 7 tribus mandchous dont il devint Khan en 1616. Il se rapprocha alors des mongols en adoptant leur alphabet, se déclara protecteur du bouddhisme et restaurateur de la puissance impériale.

De son coté, le grand Khan Lidgan (un Tchakar comme tous les grands Khan depuis Dayan Khan), essaya de réunifier les tribus mongols. Celles du sud résistaient et trouvèrent des alliés en la personne des mandchous. Ensemble ils défirent Lidgan en 1627 qui abandonna dans sa fuite le sceau impérial des Yuan. Le nouveau chef mandchou se l’appropria, se positionnant ainsi en successeur de Khubilaï.

En 1635, naquit Zanabazar , descendant du prince mongol khalkha Abdaï Khan, en qui son père reconnut une réincarnation de Gengis Khan et d’un érudit tibétain. Il reçut une éducation tibéto-mongole et fut nommé par le dalaï-lama sous le titre de Bogdo Gegeen ("pontife éclairé", l’un des 3 titres importants pour les bouddhistes mongols avec celui de Dalaï-lama, et de Panchen-lama). Il joua un rôle très important dans la vie des mongols sur les aspects :

 religieux : compilateur et traducteur de nombreux textes sacrés, fondateur de temple et de communauté monastiques dont celui d’Ikh Kuree, noyau de la ville d’Urga, futur Oulan Bator,

 politiques : il intervint sur nombre de décisions politiques dont celle qui placa les mongols khalkha sous la suzeraineté des mandchous

 et culturels : il créa l’alphabet Soyembo, fut architecte, peintre, et sculpteur de très grand renom

La Chine que la dynastie Ming ne controlait plus vraiment était une proie attirante pour les mandchous. Ils en firent la conquête en 8 ans, de 1643 à 1651 et y prirent le nom dynastique de Qing. Ils se sinisèrent complètement et laissèrent également la Mandchourie se siniser de sorte qu’elle en devint totalement partie intégrante.

Au nord, après 15 ans de lutte de 1650 à 1664, les russes après avoir conquis la Sibérie pour atteindre l’Océan pacifique, battirent les mongols bouriates et gagnèrent le contrôle de la région du lac Baïkal.

Plus au sud, Galdan, le khan des Dzoungar (mongols Oïrat), profitant des luttes intestines entre mongols Khalkha, se décida lui à envahir la Mongolie. Il pénétra jusqu’à Karakorum. Les Khalkha jusqu’alors hostiles aux mandchous, se réfugièrent près de la grande muraille et se décidèrent de se rallier à eux, à l’image des mongols du sud. Les mandchous équipés de canons forcèrent les Dzoungars à se retirer de Mongolie orientale.

En 1691 une assemblée dirigée par 3 Khans et Zanabazar décida que les Khalka, princes de la famille de Gengis Khan serait placer sous la suzeraineté des Mandchous et donc de la Chine. Les royaumes Khalkha furent alors divisés en 4 aïmaks, et le pays fut sévèrement isolé et pressuré par les mandchous : les étrangers et les chinois même n’avaient pas le droit d’entrer, les marchands devaient avoir un permis, et dans ce cas, ils en profitaient alors pour ruiner un peu plus des mongols déjà lourdement imposés, et considérés uniquement comme une réserve de soldat.

Zanabazar mourut à 89 ans en 1724. Sa personnalité et son œuvre ont valorisé le culte du Bogdo Gegeen. Le Bogdo Gegeen suivant apparut dans sa famille, mais comme il soutint un projet de révolte contre la Chine, les mandchous décidèrent que les Bogdo Gegeen ne pourrait se réincarner qu’à l’extérieur de la Mongolie, au Tibet.

Après de nombreux incidents de frontières entre les Russes au nord et la Chine au sud, en 1728 le traité sino-russe de Khyakhta fixa les limites de chacun des états et redéfinit par conséquent les frontières traditionnelles de la Mongolie, qui devint un état tampon encore plus isolé.

En 1758 la Dzoungarie,dirigée par des potentats tyranniques ou en proie à des luttes internes de succession, fut définitivement vaincu par la Chine, ce qui élimina de ce fait le dernier état mongol.

Pendant le XVIIIème et le XIXème siècle, il semble que malgré le verrouillage et l’oppression du pays par les mandchous, les mongols restèrent fidèles à leur alliance, sans chercher à se défaire de la domination extérieure, et passèrent cette époque comme une région mineure de l’empire Qing.

Les mandchous favorisèrent l’établissement d’une théocratie bouddhiste en Mongolie comme au Tibet (ce qu’ils ne firent pas en Chine) et 6 autres Bogdo Gegeen tibétains succédèrent à Zanabazar. Si ceux-ci se désintéressèrent, à l’exception du 8ème et dernier Bogdo Gegeen, des mongols dont ils parlaient à peine la langue, ils s’occupèrent de l’église lamaïque, et leur influence spirituelle fut grande : au début du 20ème siècle, on comptait en Mongolie 2600 monastères, presque 100 000 moines et que le 1/3 de la population de Mongolie dépendait de l’église lamaïque.