La Mongolie comprend un grand nombre de zones naturelles différentes : en allant du Nord au Sud c’est la taïga, la steppe, et le désert de Gobi, et d’Ouest en Est les montagnes puis les vastes plaines. Ainsi les paysages, et la végétation changent en quelques centaines de kilomètres passant, comme entre le nord et le sud, d’un extrême à l’autre.

La végétation, très variée, représente une part importante des espèces que l’on trouvent à travers toute l’Asie Centrale. Plus de 3000 espèces de plantes, 927 de lichens, 437 de mousses, 875 de champignons, et de nombreuses d’algues ont été répertoriées, mais beaucoup sont encore à découvrir. La flore de Mongolie comprend presque 150 espèces endémiques et environ 100 espèces fossiles. Plus de 100 espèces sont considérées comme rares ou en danger.

A chaque zone naturelle correspond une flore caractéristique, ainsi l’on trouve notamment :

 des forêts de mélèzes, de pins, de sapins de Sibérie (certains pouvant atteindre jusqu’à 45 mètres), des pins d’Ecosse ou des bouleaux blancs dans les régions du nord (taïga et zones de forêts) ainsi que des edelweiss,

 des herbes plus ou moins haute à perte de vue et des graminées à travers toutes les régions de steppes, se transformant en prairies odorantes fleurant bon l’armoise, l’oignon sauvage, et l’absinthe

 une végétation faible dans les zones désertiques, mais extremement adaptée, très résistante avec des plantes telles que le karagana ou "faux acacia", et des forêts de saxaoul (à l’aspect d’un buisson ou plus rarement d’un arbre sans feuille pouvant mesurer au bout de 100 ans, jusqu’à 4 mètres de hauteur. Il ne donne ni ombre ni verdure, mais c’’est un combustible 3 fois plus énergétique que le bouleau, et il protège le sol de l’érosion),

 dans les zones de montagnes, des bouleaux, des pins de montagnes, des saules, des saxifrages, et des gentianes blanches

 près des lacs, et des rivières, une végétation composée de peupliers, d’iris et de roseau

Localement, la flore peut être très riche. A titre d’exemple, dans le parc des monts Gurvan Saïkhan (Région d’Ömnögov - Gobi du Sud), on verra des genièvres aromatiques, des oignons sauvages, de la rhubarbe, du thym sauvage, de la gentiane, de l’épine-vinette, des sureaux, de l’églantier, dans la province du Khentii et d’autres régions de Mongolie centrale, la floraison des fleurs sauvages, telles que les rhododendrons ou les edelweiss feront jaillir des explosions de couleurs rouges, jaunes, violettes.