La faune est d’une très grande richesse et d’une très grande diversité en Mongolie : on trouve en effet, plus de 300 espèces d’insectes, 136 variétés de mammifères, 436 espèces d’oiseaux, 8 espèces d’amphibiens, 22 espèces de reptiles, 75 variétés de poissons et d’autres invertébrés.

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Parmi les oiseaux, une grande variété de rapaces avec des aigles, des faucons, des autours, des milans, des busards, des gypaètes barbus qui peuvent atteindre 2,5 mètres d’envergure, des vautours, des chouettes, des syrrhaptes, et le plus fréquent le milan.

Pour les poissons, parmi les plus importants, des salmonidés dont en particulier, le huchon taïmen, le plus grand poisson d’eau douce, un salmonidés qui peut atteindre 2 mètres de longs et 80 kilogrammes, la truite lenok, et l’omoul originaire du lac Baïkal et qui a été introduit dans le lac Khövsgöl vers 1960.

Pour les mammifères, parmi les plus particuliers à la Mongolie, on trouve :

 les yanguirs ou ibex, une chèvre sauvage de montagne très appréciée des loups et des léopards des neiges,

 l’argali ou "mouton de Marco Polo", est un gros mouton sauvage avec des cornes pouvant atteindre 1,5 mètres vivant en groupe de 5 à 15 animaux dans les montagnes .

 les cerfs, les élans, les rennes sauvages dont le cerf maral ou cerf sibérien de petite taille vivant dans la taïga ou les forêts de montagnes (Khövsgöl, monts Altaï, Khangaï et Khentii), et très recherché pour ses bois utilisé en médecine traditionnelle.

 la martre, la loutre, le castor, et surtout les zibelines, recherchées pour leur fourrure exceptionnelle, leur chasse est maintenant interdite, et l’on peut les trouver autour du Khövsgöl, des monts Khentii ;, dans l’Altaï

 les chameaux sauvages, très rares peut être l’espèce ne compte que quelques 200 individus en Mongolie. Avec des bosses moins importantes que celle du chameau domestique, très rapide, effrayé, il peut courir sur 50 kilomètres sans s’arrêter’. il vit en troupeau de 50 individus

 les anes sauvages ou hermiones, également très rares, vivent dans les déserts, et les zones arides (Gobi du sud et Gobi oriental). Très rapides, proches en apparence du cheval ordinaire, mais avec une tête plus longue et des oreilles d’âne,.ils peuvent se mélanger à de troupeaux de chevaux domestiques ou de chameaux,

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 les chevaux sauvages (cheval de Prjevalskii) ou takhi, c’est l’ancêtre du cheval actuel, celui que l’on voit peint sur les grottes préhistoriques comme celle de Lascaux. Disparus de Mongolie, il a été réintroduit dans le parc naturel de Khustain Nuuru (centre) à partir d’individus venant d’Europe (cf. Association pour le cheval de Przewalski). Petit avec une tête plus forte, il possède 66 chromosomes contre 64 pour le cheval moderne.

 l’ours du Gobi : très rare également. Son existence a longtemps été mise en doute Il a la taille d’un ourson de 1 an avec une grosse tête, et de petits yeux. Il vit dans le Gobi-Altaï.

 le loup, le lynx

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 le léopard des neiges : dans le Khangaï, l’Altaï et l’on peut en trouver par ailleurs au Tibet, dans l’Himalaya, et l’Hindu Kush. Il se nourrit d’Argali et de yanguir, mais aussi de marmottes, de souris et parfois de bétail qu’il chasse la nuit.

 les antilopes du Gobi, espèces protégées, se trouvent dans le Gobi et le Gobi-Altaï, pesent entre 25 et 35 kilos et peuvent courir à 60 km/h, et les antilopes Saïga, très recherchées pour leurs cornes par la médecine traditionnelle orientale

 la gerboise à queue grasse ou rat-kangourou, petit rongeur du Gobi, très courant, qui ressemble à un mélange de kangourou miniature et de souris, il vit dans le désert à proximité des arbustes saxaouls

A coté de ces espèces sauvages, il convient également de dire que les animaux domestiques, c’est à dire chevaux, chameaux, chèvres, moutons, yaks, et rennes vivent bien souvent de manière semi-sauvage, en se mélangeant même à des espèces sauvages ainsi du cheval avec l’hermione ou le cheval sauvage ou encore le chameau avec le chameau sauvage