Au début du XVIème siècle, des moines tibétains étaient envoyés en Mongolie pour convertir les mongols. Ils rencontrèrent du succès mais c’est l’évènement suivant qui conduisit à la conversion des mongols :

Altan Khan, petit fils de Dayan Khan, prestigieux grâce à ses succès sur les tibétains, la Chine des Mings, et sur les Oïrats à qui il reprit Karakorum, et également fondateur de la plus ancienne ville mongole qui existe encore : Hokhot (l’actuelle capitale de la Mongolie intérieure), ne pouvait être grand Khan, car il n’était pas descendant de la branche ainée comme le voulait la loi instaurée par Dayan Khan.

En 1576, il invita le chef des lamas de la secte jaune (les géloupkas), le reçut avec éclat, lui décerna le titre de Dalaï-Lama (c’est un terme mongol qui signifie "le lama océan"), et ainsi le reconnut comme le chef des lamas. En échange le nouveau Dalaï-Lama, reconnut en Altan Khan, la réincarnation de Khubilaï Khan. Il se trouva donc, bien qu’issu d’une branche cadette, au dessus du grand Khan.

Altan et le Dalaï-lama firent venir davantage de moines et des textes à traduire en Mongolie afin d’instruire le peuple. Un premier monastère bouddhique fut construit. A sa suite un prince Khalka se convertit dans l’année même : Abdaï khan, puis plus tard, le grand Khan lui-même.

Il s’établit ainsi une relation étroite entre un pouvoir temporel mongol et un pouvoir spirituel tibétain. La Mongolie se transforma progressivement sous l’influence du bouddhisme, adoucissant ses moeurs, et les prédisposa à davantage (trop ?) de pacifisme. Abdaï Khan fit construire à son tour le monastère d’Erdene Zuu à coté de Karakorum, en 1586.

Les autres religions, en particulier le chamanisme auquel le peuple restait attaché, furent réprimés, soit par des mesures d’incitations, soit de coercitions, et disparurent ou bien s’intégrèrent comme le chamanisme dans le bouddhisme mongol.