Après la nomination de Temüdjin au titre de Gengis Khan, lors du kuriltaï (assemblée des principaux chefs mongols) de 1206, des alliances se nouèrent avec les Öngüt chrétiens et les Ouïghours. Ces derniers transmirent aux mongols leur écriture, fournirent les cadres de l’administration de l’empire. Cette alliance provoqua néanmoins la guerre contre les Tangut qui occupaient la partie orientale de la Route de la Soie. En 1209, ceux-ci furent vaincus, mais la paix ne fut jamais longue et pendant 24 ans, ils furent toujours une source de conflits.

En 1211, Gengis Khan convoqua un kuriltaï pour déclarer la guerre à la Chine du Nord, celle des Kin. La grande muraille est un obstacle que les mongols ne pouvaient surmonter et passèrent donc par le nord en conquérant la Mandchourie. Mais c’est un demi échec. Il revint une nouvelle fois et cette fois triompha en entrant avec son armée à Pékin. Puis, il se retira, en laissant à l’un de ses généraux Muqali, le soin d’achever la conquête de la Chine. Les Kin résistèrent jusqu’en 1234.

Dans l’empire des Khara-Khitaï, Kütchlüg, un naïman, au pouvoir grâce à un coup d’état, et haï par son peuple fit tuer un protégé de Gengis Khan. Celui-ci, obligé d’intervenir envoiya un autre de ses généraux, Djebe, qui s’empare sans peine de l’empire Khara-Khitaï et les mongols furent acclamés comme des libérateurs. L’empire mongol s’étendit alors au sud ouest et se trouvait une frontière commune avec l’empire d’Iran, le Khwarezm (comprenant la plus grande partie de l’Iran, les actuels Ouzbekistan, Tadjikistan, Turkmenistan, et Afghanistan).

En 1215, après qu’une caravane venant de Mongolie ait été dépouillés et les marchands tués à la frontière de l’empire d’Iran, Gengis Khan envoya des ambassadeurs pour protester, mais ceux-ci furent également tués. Cétait pour les mongols un outrage et la guerre fut décidée. Il prépara alors avec minutie une armée énorme (150 000 hommes), et fit appel à des auxiliaires auprès de ses alliés. Seuls les Tangut refusèrent de fournir des troupes. En 1219, il franchit le Syr Daria, prit Boukkhara le 16 février 1220, Samarkand, le 17 mars.

Muhammad Chah, l’empereur du Khwarezm s’enfuit. Gengis Khan lanca contre lui deux de ses généraux : Suboteï et Djebe avec seulement 20 000 hommes.

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Ce fut une chevauchée inouïe : sans intendance ; sans connaissance du terrain, ils passèrent Nichapur, Rei, Qazvin, Hamadan, franchirent le Caucase, défirent les Géorgiens, alors l’élite de la chevalerie chrétienne, pénètrèrent en Europe en première reconnaissance, furent victorieux d’armée toujours supérieures en nombre : les Alains, l’immense force russe (80 000 hommes) à la bataille de Khalka en 1222, les Turcs Qangli de la basse Volga, les Bulgares de la haute Volga, remontèrent la mer Caspienne par le nord, et vinrent rejoindre Gengis Khan au nord du Syr Daria après 20 000 kilomètres de chevauchée. Muhammad Chah seul, réfugié sur une petite ile de la Caspienne était lui, mort terrorisé en 1221.

Pendant ce temps, Gengis Khan harcelé par le fils de Muhammad, Djelal al-Din attaqua le Khorassan, la Bactriane, l’Afghanistan. C’est une guerre sans merci, les villes qui résistèrent, furent anéanties, les populations exterminées afin de montrer ce qu’il en coûtaient de résister. Mais Djelal al-Din parvint à s’enfuir en Inde, Gengis khan trop loin de ses bases, ne le poursuivit pas. En rentrant, il s’appliqua à pacifier, ouvrir des routes, à restaurer, et à faire administrer par des fonctionnaires locaux, les pays conquis.

En 1225, il rentra en Mongolie. Cependant, se souvenant de la défection des Tangut avant son départ, il décida de venger l’affront. Il entra en campagne en 1226, mais mourut pendant le siège de la capitale des Tangut. Ceux-ci n’en surent rien et furent vaincus. Il fut enterré dans un lieu choisi par lui en Mongolie près d’un grand arbre, sans laisser de trace.